Доброго времени.

Нужно создать связь между двумя контроллерами CJ1M-CPU11 для обмена данных(слова, биты) с помощью встроенного последовательного порта.

Так понимаю, в настройках порта нужно выбрать NT Link(1:N) либо Host link, а дальше с помощью функциональных блоков?

Почитайте про PC Link.
Автоматический обмен областями памяти на очень не хилой скорости.

Я бы сказал Serial PLC Links. В Омроне сами путаются. Вот про него почитать надо. Есть красивая вырезка из мануала (на английском)... из какого так и не определил... С позволения Олега залью в Downloads. Маленький pdf совсем.
Вот она: Serial PLC Link CJ1M

Совсем недавно применял. lesha_min, будут вопросы - задавай.

Эта вырезка- из W394 CS/CJ/NSJ Programming Manual.